Jadis, le territoire où se trouve Wattrelos aujourd'hui appartenait à un certain Allowin, puissant seigneur né en 589 et mort entre 654 et 657. La vie d'Allowin n'était que débauche. Nanti, il se livrait à tous les plaisirs et débordements. Son épouse, affectée, en mourut. Ce douloureux événement allait convaincre Allowin de racheter sa conduite en rejoignant, à 62 ans, la vie monastique au couvent Saint-Pierre de Gand après avoir donné tout son argent aux pauvres. Reclus dans une minuscule cellule, il s'infligea de nombreuses mortifications et flagellations. Il supporta cette vie entre 3 et 6 ans avant de succomber.
Avant cela, Allowin avait fait don de ses biens et de ses terres, dont Wattrelos (villa avec son église et ses dépendances) à Saint-Amand, évêque de Maestricht et apôtre des Flandres. Allowin fut canonisé sous le nom de Saint-Bavon et une abbaye portant ce nom fut édifiée à Gand. Les abbés de Saint-Bavon furent durant des siècles les seigneurs de Wattrelos. On les appelait les Messieurs de Saint-Bavon.
Wattrelos pendant le Moyen-Age
La Seigneurie de Wattrelos apparaît comme l'un des plus beaux joyaux de Saint-Bavon. D'après le plus ancien plan terrier retrouvé, Wattrelos comptait en 1231 un peu plus d'une centaine de foyers, soit une population de 500 à 600 personnes.
Le domaine de Wattrelos est sous l'emprise des abbés seigneurs de Saint-Bavon, une vaste entreprise agricole. A l'exploitation directe des terres et des paysans (rentes en blé, avoine, colza…) les Messieurs de Saint-Bavon préfèreront, à partir du XIVe, l'exploitation indirecte (location des terres et des droits d'exploitation contre monnaies sonnantes et trébuchantes).
Il est vrai que les terres wattrelosiennes apparaissent comme plutôt prospères. Les forêts gauloises qui occupent les hauteurs de la ville (Beaulieu, Martelotte, Saint-Liévin) reculent très tôt dans l'Histoire pour laisser place aux terres agraires. Très vite, la quasi totalité des surfaces sont exploitées. Les paysans iront même jusqu'à cultiver la vigne. La Boutillerie et le Winhoute n'ont pas été nommés ainsi par hasard. Acculées à la frontière, sises en plein milieu du comté de Flandres, les terres prospères wattrelosiennes ont souvent été sujettes aux incursions, saisies, réquisitions, pillages et autres destructions.
1302, 1313, 1329, 1340, 1347 sont autant de dates entâchées de sang.
La fin du Moyen-Age voit naître de nouvelles idées théologiques avec Luther, le réformateur, et Calvin qui s'en fait l'écho en France. Le protestantisme prend parti contre le catholicisme dont le positionnement politique n'est pas forcément du côté du peuple. Les guerres de religion éclatent vers le milieu du XVIe siècle mais la plupart du temps, celles-ci sont révélatrices de conflits sociaux. Les protestants sont surnommés les gueux ou les hurlus, termes péjoratifs, témoins du bas niveau social de ses combattants.